Він помер в Харкові після важкої хвороби. Експерту було 66 років. "Відійшов у вічність відомий харківський політолог Валерій Дудко - сильна особистість і людина з активною проукраїнською позицією. Спочивайте з Богом, Валеріє Володимировичу! Вічна пам'ять!" - написала його колега, викладач університету Галина Куц у себе в Facebook.

Дудко багато років страждав від цукрового діабету, на тлі якого у нього розвинулася гангрена. У березні 2017 року через важку хворобу йому ампутували ногу. Про час і місце прощання з політологом буде повідомлено пізніше.